1. Membutuhkan banyak data
Biasanya implementasi Business Intelligence diterapkan pada perusahaan besar, dalam artian perusahaan yang memiliki data transaksi yang banyak, dengan demikian untuk mendapatkan data yang besar maka dibutuhkan pula waktu yang cukup lama, biasanya perusahaan sudah berdiri 5-10tahun lebih sehingga memiliki data yang cukup banyak. Ini menjadi suatu tantangan bagi perusahaan yang memiliki data transaksi kecil, karena jika ingin mendapatkan data yang besar harus menunggu waktu yang cukup lama menjadikannya tidak efektif untuk meningkatkan perusahaan kecil.
2. Perubahan Budaya Perusahaan
Banyak perusahaan yang tidak bisa menerima perubahan budaya yang terjadi pada perusahaanya. Maka ini menjadi suatu tantangan bagi perusahaan dalam mengubah budaya lama pada perusahaan menjadi budaya baru yakni dalam mengimplementasikan Business Intelligence. Perusahaan yang pada awalnya memiliki data, informasi yang tidak di olah dengan baik, dengan Business Intelligence data tersebut diolah sebaik mungkin agar memiliki nilai bagi perusahaanya. Dibutuhkan juga pekerja yang intelektual untuk dapat mengolah data dan informasi dengan baik.
3. Resiko Kegagalan
Dalam mengimplementasi apapun pasti memiliki resiko, resiko ini menjadi suatu tantangan maupun kerugian bagi suatu perusahaan. Business Intelligence dibutuhkan untuk mengolah data, informasi dan pengetahuan agar menjadi bermanfaat bagi perusahaan. Memiliki resiko kegagalan yang cukup riskan dalam mengolah data dan informasi, mengapa? Karena data dan informasi yang diolah itu cukup banyak dan akibat data yang sangat banyak maka pengumpulan datanya pun tidak teratur, cukup rumit untuk diolah. Sehingga dapat menyebabkan adanya resiko kegagalan yang akan terjadi jika tidak dikelola dengan sebaik mungkin.